Powiększenie mikroskopu biologicznego jest zazwyczaj niskie i waha się od 40x do 1000x. Dzieje się tak dlatego, że próbki biologiczne są zwykle przezroczyste i wymagają umiarkowanego powiększenia, aby obserwować struktury komórek i tkanek.
W mikroskopie biologicznym powiększenie określa się na podstawie kombinacji soczewki obiektywu i okularu. Typowe powiększenia obiektywów obejmują 4x, 10x, 40x i 100x, podczas gdy okular ma zazwyczaj powiększenie 10x. Zatem maksymalne powiększenie typowego mikroskopu biologicznego to obiektyw 100x pomnożony przez okular 10x, co równa się 1000x.
Należy zauważyć, że powiększenie mikroskopu biologicznego nie jest tak duże jak w przypadku mikroskopu elektronowego, ponieważ próbki biologiczne mają często złożoną strukturę, a proces obserwacji wymaga utrzymania żywotności i integralności próbek. Ponadto rozdzielczość mikroskopu biologicznego jest również kluczowa, ponieważ struktury biologiczne są często bardzo małe i wymagają dużej rozdzielczości, aby móc obserwować drobne szczegóły.
W niektórych specjalistycznych zastosowaniach, które wymagają większego powiększenia, np. w badaniach patologicznych lub mikrochirurgii, można zastosować okular o większym powiększeniu (np. 16x lub więcej) w połączeniu z odpowiednimi okularami, aby uzyskać większe powiększenie. Jednak te obserwacje przy dużym powiększeniu zwykle wymagają bardziej złożonego przygotowania próbki i technik mikroskopowych oraz wymagają większych umiejętności od operatora.